מצוות הנחת תפילין היא ביום ובמשך כל היום, וחשוב שיהיו מונחים כשהוא קורא קריאת שמע. ולכן עניין חליצת התפילין לאחר התפילה התחיל מן הזמן שפסקו מלהניח את התפילין במשך היום. וזמן החליצה עם סיום התפילה השתנה לפי המנהגים השונים כמתואר להלן. יש לציין, שגם במהלך הזמנים הוספו תוספות אחרי סדר היום. כתר מבן בשו"ע, או"ח, כה, יג, נהגו העולם שלא לחלוץ תפילין עד אחר קדושת ובא לציון, וביום שיש בו ס"ת נוהגים שלא לחלצם עד שיחזירו ס"ת להיכל. והנ"מ במקום שמכניסין ס"ת אחר ובא לציון. ומנהג מאוחר עפ"י הקבלה, שלא לחלוץ תפילין עד שאמר בהם שלוש קדושות וארבע קדושות, דהיינו לאחר קדיש יתום. והכי נוהגים המדקדקים (פתח עיניים סי' המוסר פ"ב). וביום ר"ח חולצים אותם קודם תפילת מוסף, והוא עפ"י הזוהר (שם), ויש שלא חולצים תפילין קודם המוסף, ובסידור דלותא דאברהם כתב, יש חולצין התפילין כשאומרים אחר ובא לציון כשאומרים שנשמור חקיך, ויש סמך למנהגם בסדר היום הכותב עמ' יב, וכן ראיתי מדקדקין כשמגיעים לאמירת יה"ר מלפניך שנשמור חקניך, מתחילין להסיר הרצועה מעל הידם, וממתינים עד שיאמר ש"צ תתקבל ומסירים של ראש, אבל לי נראה שאין ראוי למדקדק להסיר התפילין והטלית כי אם אחר ברכו ועלינו. ובאסמכתא למנהג להסיר התפילין כשאומר שנשמור חקיך והוא עפ"י מנהג בני מערבא (ירושלמי מ"ד ב') דבתר דמסלקי תפלייהו מברכי אקב"ו לשמור חקיך. ובסידור אוצר התפילה כתב בהערה שתפילה זו יה"ר שנשמור חקיך, שהוא זמן סילוק תפילין וכו'. וכבר ראינו זקנינו ות"ח שחולצים תפילין אחר ובא לציון, והוא עפ"י המנהג הקדום שנכתב בירושלמי, בתפלת יה"ר שנשמור חקיך דהיינו התפילין שנא' ושמרת אל החקה הזאת למועדה מימים ימימה.