אסור לגור מעל ארון הקודש. יש פוסקים שדבר זה מזיק במי שעובר וגר שם. מאחר והמקלט לא נועד להיות בית הכנסת, ומאחר וחדר השינה תוכנן להיות מעל המקלט, זכותכם למנוע שארון הקודש יהיה מתחתכם. זאת ועוד, לפי השו"ע, רשאים המתפללים להתפלל במקלט, גם אם אין בעיה של ארון הקודש. כלומר שאין מניעה מדין שכנים, לעשות כן. כי התפלה בציבור היא מצוה. אבל לפי הריטב"א, ואני בדעה שזו גם דעת הרמב"ם, לא התירו רק לתלמוד תורה. ולא לביהכ"נ ולא לכולל, למרות ההפרעה לשכנים, ולכן גם מדין שכנים יכולים אתם, לפי הריטב"א, לדרוש שלא יתפללו שם, גם אם אין באותו ביכ"נ ארון קודש.