עלינו לדעת, שאף שמהרי"ץ היה חכם גדול ומורה הוראה גדול, הוא היה איש הפשרה, ולא נטה לחתוך הדין כעיקר הדין, כשיש חילופי מנהגים, וכשיש רקע של מחלוקת בעניין. ולכן אף שהוא נוטה לשיטת הרמב"ם בעניין ברכותה שחר, אל נתפלא שבליל השבועות הטיל פשרה. ומשום כך אין הכרח ללמוד מהוראות הפשרה שלו לדורות, שכל מורה הוראה בדורו יראה אם הנסיבות של הפשרה קיימות, או לא. כמו כן עלינו לדעת, שיש בכתבי מהרי"ץ גם בעץ חיים וגם בשו"ת פעולת צדיק, דברים, שכתבם לא כהוראה, אלא כילקוט, וכאוסף, ששימשו אותו לעת מצוא. והחכם שעיניו בראשו, חייב להבחין בכך, שאם לא כן עלול הוא למצוא סתירות בדבריו, ותמיהות על דבריו. זאת ועוד, מהרי"ץ בעץ חיים כתבו בזמנים שונים, והוסיף בו ושינה בו, ולא תמיד מתוך עריכה בין התוספות והשינויים. ופשוט, שלפי רבינו אין לברך ברכות השחר שלא נתחייבו בהן, וכזו היא שיטת מורנו הרב יוסף קאפח, ולא ידועה לי מה היתה עמדתו של מורנו הרב יוסף קאפח על דברי מהרי"ץ אלו.