כל אלה הן תפילות או פיוטים מאוחרים, והרס"ג והרמב"ם לא התייחסו במישרין אליהם. אבל חכמי הדורות התיחסו אליהם. ויש שהסתייגו מהן, אף שאינם אמונים על משנתו של רס"ג והרמב"ם, ואציין מעט לצורך ההדגמה בלבד.
1. יש שהסתייגו מהביטוי "בר אלהין".
2. היו שלא אימצוהו לליל שבת, משום שלא ראו בו קשר לליל שבת, אלא לל"ג בעומר.
3. היו שהסתייגו מהביטוי "ממלך", והיו שהסתייגו מהפנייה למלאכים "ברכוני".
4. היו שהסתייגו לומר "יום השישי" בגלל הכלל, שאין פוסקים פסוק שלא פסקו משה רבינו.
5. גם בראש השנה וגם ביוה"כ אין מבקשים צרכים! והראיה שהשמיטו כל הברכות האמצעיות שבתפילות שמונה עשרה.
6. היו שהסתייגו משום שאסור להתפלל למלאכים, אלא לה' ישירות.
7. היו שהסתייגו מכך, שכביכול התוקע אמור לרצות את ה', ובמיוחד ע"י שמותיו הקדושים וזיווגי המידות, בעוד שעיקר התכלית של שמיעת התקיעות בר"ה, שאנחנו השומעים ניחרד ונשנה דרכינו לטובה.