הואיל והיום חלו וחלים שינויים במנהג השילוש, בבתי כנסת השונים מאלה שעדיין שיש אצלם מנהג השילוש, אעתיק לך לשון פרופ' רצהבי ספרו "במעגלות תימן, עמ' 20: "בבוקר - הלימוד עשיר ומגוון, ונקרא שילוש. הוא כלל: משנה (שלוש משניות), מקרא (פרק בנביא, ושלושה מזמורי תהלים), ומוסר (קטע בספר ראשית חכמה לר' אליהו די מיגאש). הלימוד היה גירסה בלבד, לפי שהכל מיהרו למלאכתם". וכאמור, שילוש זה במבנה זה אינו "קדוש", כי יש להניח שגם הוא מאוחר, אבל העיקרון ברור. וכל רב יכול וראוי לקבוע סדרי שילוש הנראים לו כחיוניים לבני קהילתו, בהתחשב בסדרי לימוד התורה שלהם, אבל שישמור על העיקרון.