אכן שיטת מרן הגר"ע יוסף זצ"ל, שא"י אתריה דמרן השו"ע, וכל הבא אליה, חייב לנהוג כהשו"ע. אולם הוא לא הורה הוראה זו הלכה למעשה, בכל הדינים ובכל המנהגים ולכל העדות, למי שעיין היטב היטב בפסקיו המרובים והחשובים. זאת ועוד, בשו"ת יביע אומר, ח"ג, אה"ע, יט - כ, הוא פסק פס"ד תקדימי בעניין גירושין לבני תימן, תוך שהוא הסתמך על הכלל, שמאחר וא"י היתה אתריה דהרמב"ם, ואח"כ אתריה דמרן, דעביד כמר לא משתבש, ודעביד כמר לא משתבש. ולדעת מורנו הרב יוסף קאפח זצ"ל, שא"י אחרי הרמב"ם גם היום, ולדעתו, מרן פסק את אשר פסק לאלה שאינם מחויבים להרמב"ם ואינם במקומו.