לפנים בישראל היו הנידויים והחרמות שכיחים ביותר, עד שאפילו שפחתו של רבי יהודה הנשיא נידתה אב שהיכה את בנו הגדול. ומר זוטרא היה מנדה עצמו לפני שנידה תלמיד חכמים שחייב נידוי. כי הם הבינו שהנידוי והחרם אינו רק עונש חברתי, אלא אקט חינוכי דתי וגם חברתי שנועד לעורר את המנודה או המוחרם לחזור בתשובה ולזכות לכפרה. והראיה לכך, שדיני הנידוי נוהגים גם באדם המנדה את עצמו. בימינו שלנו, כבר אין יודעים מהם נידויים וחרמות, והם נחשבים לנתעבים בעיני לא דתיים, ולבלתי מקובלים ואף דחויים אצל דתיים, בעוונותינו המרובים.
חז"ל למדונו דיני נידוי מהנידוי העצמי של יהודה בהתחייבותו ליעקב עבור בנימין. עם הרעב שהיה בארץ נאלצו בני יעקב לשבור אוכל ולרדת למצרים, אך שליט מצרים דאז הסכים, ובתנאי שיביאו ויורידו את בנימין. בראשונה, ראובן ביקש מיעקב בהתחייבות לאביו להחזירו, אך יעקב לא שעה לדבריו ואדרבה גינהו בחריפות "בכור שוטה הוא זה, בניך לא בני?!". מיד "וַיֹּאמֶר יְהוּדָה אֶל יִשְׂרָאֵל אָבִיו: שִׁלְחָה הַנַּעַר אִתִּי וְנָקוּמָה וְנֵלֵכָה וְנִחְיֶה וְלֹא נָמוּת גַּם אֲנַחְנוּ גַם אַתָּה גַּם טַפֵּנוּ. אָנֹכִי אֶעֶרְבֶנּוּ מִיָּדִי תְּבַקְשֶׁנּוּ, אִם לֹא הֲבִיאֹתִיו אֵלֶיךָ וְהִצַּגְתִּיו לְפָנֶיךָ, וְחָטָאתִי לְךָ כָּל הַיָּמִים".
על חומרת הנידוי העצמי שחל אף על תנאי, כבר אמרו חז"ל במסכת מכות, יא ע"ב: "אמר רב יהודה אמר רב: נידוי על תנאי צריך הפרה. מנלן? מיהודה, דכתיב: 'אם לא הביאותיו אליך'. וא"ר שמואל בר נחמני א"ר יונתן, מאי דכתיב: 'יחי ראובן ואל ימות' 'וזאת ליהודה'? כל אותן מ' שנה שהיו ישראל במדבר, עצמותיו של יהודה היו מגולגלין בארון (=מחמת שנידה עצמו, שלא כשאר השבטים ששלדן הייתה קיימת), עד שעמד משה ובקש עליו רחמים, אמר לפניו: ריבונו של עולם, מי גרם לראובן שיודה (=על שבלבל יצועי אביו)? יהודה (=שהודה על מעשה תמר). 'וזאת ליהודה'? 'שמע ה' קול יהודה'! עאל איבריה לשפא (=חזרו עצמותיו לחיבורם); לא הוה קא מעיילי ליה למתיבתא דרקיע (=ועדין לא הכניסוהו בישיבה של מעלה, לכן ביקש משה), 'ואל עמו תביאנו'. לא הוה קא ידע למישקל ומיטרח בשמעתא בהדי רבנן (= ועדין לא ידע לשאת ולתת במחיצת חכמי הישיבה, לכן ביקש משה) 'ידיו רב לו'. לא הוה ידע לפרוקי קושיא (=ועדין לא ידע לתרץ קושייתם, לכן ביקש משה), 'ועזר מצריו תהיה'".
דברי אגדה אלו אינם פשוטו של מקרא, כי פשוטם של דברי משה: שה' ישיב את מלכות יהודה בשלום ממלחמותיו עבור ישראל. אולם בכל זאת ראו חז"ל לציין כי יהודה השכיל לשכנע את יעקב, כי אם לא יביא חלילה את בנימין בחזרה, הוא יהא בעצמו בתחושה מתמדת שהוא עבריין, כדרך שאמר דוד: "וחטאתי נגדי תמיד", או כדרך שאמרו חז"ל, אבות ד, ב: "שכר מצוה מצוה, שכר עבירה עבירה". כלומר, יעקב ידע שהעובדה שיהודה יכיר שעונשו הוא על עצם עשיית העבירה, היא אשר תגרום לו להשתדל להחזיר את בנימין בכל מצב, שלא יתרשל בהתחייבותו, כי יודע שעלול להפסיד את חלקו בעולם הבא, ושהוא יצטרך להתנהג בעצמו כמנודה לזכות לכפרה.
כך יוצא, כי הנידוי הוא תחושה של העובר עבירה, כי הוא מרוחק מהשם ומקהל השם כשהוא מעוניין להיות חבר באותו קהל, ולכן נוהג אבילות, תספורת, כיבוס בגדים, התרחקות מ- ד' אמות הקהל, כך שייסורים אלו הם יעוררוהו לתשובה ויזכה לכפרה. והאדם הנבון שמעד ונכשל בעבירה, היה מנדה עצמו כדי לזכות לכפרה וכדי שחלקו לעולם הבא לא ייפגע. ומי שלא נידה עצמו, ועבר עבירה שחייבים עליה נידוי, היו אחרים מקהילתו מנדים אותו. והמנדים יכולים להיות אנשים פשוטים, כמו גם רבנים או דיינים.
אך הרצוי הוא כאמור נידוי עצמי, כי בכך מוכיח על יראת השם בתכלית. ובשל כך כינו חז"ל את "מר זוטרא חסידא" כי היה מנדה עצמו לפני שמנדה תלמידי חכמים החייבים נידוי. וכן פלימו שאל את רבי שאלה הלכתית מוזרה, מנחות לז, א: "מי שיש לו שני ראשים באיזה מהן יניח תפילין"? ורבי חשב שפלימו מגחך בו וא"ל מיד: "קום גלי או קבל עלך שמתא (=עמוד צא לגלות, או קבל עליך נידוי) דאחוכי חייכת בי"!. הרי שהדבר רצוי, לכל המבזה ת"ח שינהג בעצמו, להתעורר לתשובה, בגלות או נידוי כי כל יסוד הנידוי הוא תחושה שהוא מרוחק מהשם ומקהל השם, ובכך יתכפר לו ויזכה לעולם הבא. ומי שאינו נוהג כך, בני קהילתו נוהגים בו כך, ע"מ שיתעורר וישוב בתשובה ויזכה להיות במחיצת השם ובקהל השם בעולם הזה ובעולם הבא, כפי רצונו האמיתי.