אכן הרמב"ם לא התייחס למנהג זה של כסא אליהו, אבל אין פירושו של דבר שהיה נוהג בו יחס זלזול, כי רבינו כבר גילה דעתו, שכל מנהג שאינו סותר את התלמוד, ואין בו סרכות הלכתיות או אמוניות, הוא אינו דוחה אותו. ובעניינו של המנהג יש כוונה חשובה, לקרוא תיגר כנגד המקטרגים של עם ישראל. ואליהו אמר על בני דורו שעזבו את ברית ה' (מבחינה זו גם הרמב"ם, באגרת השמד, בעקבות חז"ל הביא את הסתייגות חז"ל מהנימה המקטרגת שהשתמעה בדברי אליהו). ולכן, אליהו, לפי המנהג, מוזמן לבוא ולראות שלא עזבו את ברית ה', בכל הדורות, בכל המקומות, ועינינו רואות, שאפילו יהודים חילוניים מקפידים על ברית מילה. ועל דרכנו אנו למדים, שנצח (נצחיות) ישראל לא ישקר (לא יתאכזב).