יש שתי בעיות:
א. שינוי ממנהג המקום.
ב. נימוסים.
א. מנהג המקום - ראש הישיבה התיר לכם, כי כנראה שראש הישיבה סבור, ובצדק, שהישיבה היא כמו עיר ליקוטאית, שנלקטו ובאו להם תלמידים מעדות שונות ומנהגים שונים.
ב. נימוקים, שלעולם לא ישב בין העומדים ולא יעמוד בין היושבים. אבל אם ראש הישיבה אמר "בוודאי שזה הוא מנהג תימן", כנראה הוא מחנך את תלמידיו להבנהלריבוי המנהגים, ואם כן, אין בעיה של נימוסים. ולכן נהג כפי שהורה לך רבך, ראש הישיבה.