שלום וברכה,

יפה שאלת. ושמא התשובה לשאלתך מונחת בדברי רבנו אברהם בן הרמב"ם בספר המספיק לעובדי ה' (מהד' דנה עמ' 222):

והנראה לי שסיבת חיובם למים אחרונים והדגשתם אותם יותר מאשר מים ראשונים [...] היא משום ההכנה לברכת המזון, שהיא מצוה דאוריתא ותפילה קטנה.

וקשרו את החיוב הזה עם הסכנה וקבעו אותה כסיבה הנראית על פי ההלכה, כדי שאנשים יזהרו בה ולא יקלו בה ראש, משום פחדם מפני הסכנה, עכ"ל.