רבינו לא ביאר על הסדר שלו בספר המצוות. ברור שלא לפי סדרן במקרא. בהתחשב בעובדה שרבינו הוא גדול הסדרנים בחיבוריו יש להניח שיש לו סדר, ושיש להתחקות אחר סדרו. הרה"ג נחום אליעזר רבינוביץ, בספרו יד פשוטה על משנה תורה להרמב"ם, בהקדמה למשנה תורה ולמניין המצוות ניסה כוחו, והעלה אפשרות שהסדר דומה באופן כללי, פחות או יותר, לחלוקת המצוות שכתב רבינו במורה בהטעימו את טעמי המצוות. עיין בדבריו כי הם מעניינים. ושים לב לעובדה שגם לפי השערתו יש חריגים.