מצוות הנחת תפילין היא מצווה חשובה מאוד וזמנה כל היום, אבל יש צורך שבזמן הנחתן הגוף צריך להיות נקי ואפילו לא להפיח.
וכן לשמור על טהרת המחשבה, שלא להסיח את הדעת מן התפילין.
לכן התקבע בישראל שמניחים תפילין בתפילת שחרית, בה יש אמירת קרית שמע (ערבית בלילה, ולילה אינו זמן תפילין). לא נהגו בעדתנו להניח תפילין במנחה, לבד ממנחה של תעניות ציבור. המניח תפילין במנחה, בקהילה שאין נוהגים, יש בזה שינוי מנהג המקום ויוהרה.